Casa Migrante fue fundada en 1961 por el padre Theo J.B. Beusink, después de describir que los trabajadores invitados españoles tenían un amplio espectro de problemas. En 1961, empezó a ofrecerles atención personal en Ámsterdam, en el Centro Social Karitativ Inter Parochieel Singel 50. Muchos voluntarios participaron para ayudar a los trabajadores españoles a encontrar su camino en la sociedad neerlandesa. Los voluntarios eran estudiantes de español en la Universidad de Ámsterdam, y otros que tenían alguna relación con el español, España o América Latina. Además de las citas en la oficina, también ayudaron como intérpretes en hospitales, instituciones sociales, corporaciones de vivienda, etc. etc.

El trabajo en Casa Migrante ha siempre estado estrechamente relacionado con la parroquia de habla hispana de San Nicolás. Los sacerdotes y los pastores para los grupos de inmigrantes fueron nombrados por el obispo por recomendación de Cura Migratorum. La comunidad de hispanohablante de Ámsterdam tenía una mayoría de «practicantes» católicos. Los servicios de la parroquia San Nicolás, el día domingo en St. Nicolaaskerk, se convirtieron en un punto de encuentro para la comunidad. Muchas personas encontraron el camino a Casa Migrante a través de contactos personales con los pastores. La junta parroquial encontró que los contactos entre la parroquia y Casa Migrante eran esenciales, porque a través del trabajo de Casa Migrante muchos feligreses podían ser ayudados en situaciones difíciles.

A principios de los años noventa, dos misioneras neerlandesas, que habían trabajado en Chile durante mucho tiempo, iniciaron su trabajo en Casa Migrante: Fernanda Vriend y Toos Beentjes. Fernanda Vriend prestó atención a las prostitutas de habla hispana; Toos Beentjes fue nombrada como trabajadora pastoral de la comunidad hispanohablante de Ámsterdam después de completar sus estudios de teología. Cuando el padre Theo se retiró, ella se convirtió en la directora de Casa Migrante.

Ahora trabajamos con un equipo coordinador de seis personas.